Para orientar la selección del material de propagación adaptado a una zona determinada, se elaboraron mapas con zonas ecogeográficas. Los mapas con zonas ecogeográficas se desarrollaron sólo para Perú y Ecuador y no para los cuatro países centroamericanos (Nicaragua, Honduras, El Salvador, Guatemala), ya que se utiliza una metodología diferente para la selección de la lista de bancos de genes, jardines clonales y viveros en estos cuatro países.

Las zonas ecogeográficas son regiones caracterizadas por variables climáticas y medioambientales similares dentro del área apta para el cacao y definen áreas dentro de las cuales se puede trasladar y utilizar el material de propagación con un riesgo mínimo de inadaptación y alteración de los patrones genéticos. Las zonas ecogeográficas ilustradas en el mapa son el resultado de un análisis de conglomerados basado en variables edafoclimáticas. Para predecir posibles cambios en la distribución de las zonas ecogeográficas en diferentes escenarios de cambio climático, el mapa actual se ha proyectado a diferentes escenarios de cambio climático (RCP4.5 y RCP8.5) en diferentes horizontes temporales (2030, 2050 y 2070). Si se prevé que la zona ecogeográfica más adecuada para un lugar de restauración va a cambiar en el futuro, se recomienda obtener material de propagación de zonas situadas dentro de la zona ecogeográfica actual, así como de la zona ecogeográfica prevista en condiciones futuras.